Do ẩn săn bắn, ô nhiễm, mất môi trường sống, cá sấu Trung Mỹ có nguy cơ tuyệt chủng trong phạm vi sinh sống của nó.[10] Năm 1972, Venezuela cấm thu hoạch da cá sấu thương mại trong một thập kỷ, như một kết quả của việc săn bắn quá mức những năm 1950 và 1960.[19]

Một đến hai nghìn con cá sấu Trung Mỹ sống ở Mexico, Trung và Nam Mỹ, nhưng thiếu dữ liệu dân số.[12] Cá sấu Trung Mỹ được coi là một loài dễ bị tổn thương, nhưng đã không được đánh giá từ năm 1996.[1] Dân số hoang dã ước tính từ 500 đến 1.200 ở miền nam Florida.[20]